進入21世紀后，促使柔印得到快速發展的重要原因還在于柔印的綠色環保屬性。由于柔印水性油墨不含重金屬和極少含有揮發性有機溶劑，因而在食品、藥品包裝上采用柔印工藝生產出的產品對人體無刺激和傷害。2004年，肯德基、麥當勞中國總部宣布，為了保障人民健康，其漢堡盒、手提袋以及餐盤紙等印刷品都必須從原來的膠印改為柔印。這些品牌商推動了柔性版印刷工藝在標簽、紙盒及軟包裝印刷領域的快速發展。由此契機，上海紫丹印務有限公司的食品包裝柔印業務從一臺柔印機擴大到一家頗具規模的柔印工廠。在標簽印制中，柔印的印后聯機功能又得到充分發揮，上光、復合、烘干、燙金 、鐳射、壓痕、模切、排廢、分切等都能在一次走紙過程中全部完成，減少搬運環節，節省作業場地，降低勞動力成本。這些工藝上的優勢和投資收益，幫助了柔印的快速發展。主要采用柔印工藝印刷日化和電子產品標簽的我國臺灣正美集團，已經發展成為在國內外具有多個生產基地的大型印刷集團。

為了進一步開發和擴大柔性版印刷領域，充分發揮柔印的環保作用，中國印協柔印分會于2007年成立了柔性版書報印刷研究會。2008年，上海少兒出版社的兒童讀物——《小青蛙報》在上海紫光機械有限公司制造的機組式柔印機上試印成功。2009年，柔印分會內刊《中國柔印》秋季刊部分內文采用柔印水墨印刷。2011年，上海印刷集團旗下上海新華印刷公司響應新聞出版總署將教科書印刷納入綠色印刷范圍的號召，使用機組式寬幅連線折頁柔印機在國內外率先試印成功綠色水墨柔印教科書。經過不斷的工藝設備優化，截止2017年，上海新華印刷公司已具備年產1000萬冊綠色水墨柔印教科書的生產能力。


40年來，柔印的承印材料適印范圍不斷擴大，從塑料薄膜開始擴大至紙張類的不干膠標簽、卡紙、墻紙、涂料紙、瓦楞紙板、復合包裝紙及瓦楞紙箱面紙預印等，化纖類的編織袋，無紡布的印刷，建筑裝潢瓷磚以及書報刊印刷等。柔印的產品質量逐年穩步提高，精細產品印刷質量已媲美凹印和膠印工藝。從地域發展來看，廣東、上海、浙江等地的柔印產業規模居全國前列。截至2017年6月30日，中國大陸的機組式柔印機裝機量接近2200臺。

我國柔性版制版業的發展始于上世紀90年代。當時國內能做柔性版制版業務的公司鳳毛麟爪，市場上柔性版制版價格高達1.35元/cm2。1995年，國內第一家專業柔性版制版公司——延中柔性版制版公司在上海成立。同年，馬來西亞激光分色集團、德國FLEXICON-AG公司等外資企業也進入中國，分別成立了東洋激光分色柔性版（上海）有限公司和大連福萊柔性版制版有限公司。此后，隨著柔印機的大量引進和生產，柔性版制版業務開始迅速發展，從事印前處理的新加坡任氏電腦制版公司和中國臺灣的信華精密制版公司也進入上海，深圳英杰、青島科強達等制版公司像雨后春筍一樣發展起來。制版公司的增多，國內外柔性版制版新技術不斷引入，柔性版制版水平得到了迅速提高，價格趨于合理，質量也越來越好，迄今為止國內已有數十家專業柔性版制版公司。


此后，柔性版CDI數字激光制版新技術開始替代傳統柔性版和傳統負片柔性版制版工藝。與傳統制版工藝不同的是，數字制版省去負片，在網點印刷方面的表現更加卓越，減少了失真，降低了網點擴大率，大大提高了印刷質量。高清平頂網點等新技術更加促進了柔性版制版技術的進步，激光直接雕刻技術使無接縫柔性版制作成為可能，無接縫印版套筒采用數字激光雕刻，可以實現連續印刷，保證相同圖案和線條的連續性，可以印刷連續花紋圖案或相同底色的包裝紙、壁紙和水印紙。無接縫印版套筒技術的應用，解決了柔性版印刷中的一大技術難題，使柔性版印刷能涉足更廣闊的建筑裝潢材料等領域。